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Pendant l'Interrègne, les presbytériens ont eu un succès limité dans la réorganisation de l'Église d'Angleterre. La Westminster Assembly a proposé la création d'un système presbytérien, mais le Long Parlement a laissé la mise en œuvre aux autorités locales. En conséquence, l'Église d'Angleterre n'a jamais développé une hiérarchie presbytérienne complète. L'Église congrégationaliste ou indépendante (religion) croyait en l'autonomie de l'Église locale, qui devait idéalement être une congrégation de « saints visibles » (c'est-à-dire de personnes qui se sont converties). Les membres devaient se conformer à un pacte ecclésiastique, par lequel ils « s'engageaient à s'unir pour rendre un culte approprié à Dieu et à se nourrir mutuellement dans la recherche d'une plus grande vérité religieuse ». Ces églises étaient considérées comme complètes en elles-mêmes, avec la pleine autorité de déterminer leurs propres membres, d'administrer leur propre discipline et d'ordonner leurs propres ministres. En outre, les sacrements n'étaient administrés qu'à ceux qui faisaient partie de l'alliance de l'église. La plupart des puritains congréganistes restèrent au sein de l'Église d'Angleterre, espérant la réformer selon leurs propres vues. Les Congrégationalistes de la Nouvelle-Angleterre étaient également inflexibles sur le fait qu'ils ne se séparaient pas de l'Église d'Angleterre. Cependant, certains puritains assimilaient l'Église d'Angleterre à l'Église catholique romaine, et considéraient donc qu'elle n'était pas du tout une Église chrétienne.
Sources : fr.wikipedia.org
Ces groupes, tels que les Brownistes, se séparèrent de l'Église établie et étaient connus sous le nom de séparatistes. D'autres séparatistes adoptèrent des positions plus radicales sur la séparation de l'Église et de l'État et au sujet du baptême des enfants, devenant ainsi les premiers baptistes.
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=== Culte et sacrements === Bien que la plupart des puritains fussent membres de l'Église d'Angleterre, ils étaient critiques à l'égard de ses pratiques cultuelles. Au xviie siècle, le culte du dimanche dans l'église anglicane prenait la forme du service de la Morning Prayer dans le Book of Common Prayer. Il pouvait inclure un sermon, mais la Sainte Communion ou la Cène n'était qu'occasionnellement observée. Officiellement, les laïcs ne devaient communier que trois fois par an, mais la plupart des gens ne communiaient qu'une fois par an, à Pâques. Les puritains étaient préoccupés par les erreurs bibliques et les vestiges catholiques contenus dans le livre de prières. Ils s'opposaient à l'inclinaison au nom de Jésus, à l'obligation pour les prêtres de porter le surplis et à l'utilisation de prières écrites et fixes au lieu de prières improvisées. Le sermon était un élément central de la piété puritaine. Il n'était pas seulement un moyen d'éducation religieuse ; les puritains croyaient que c'était la façon la plus courante dont Dieu préparait le cœur d'un pécheur à la conversion. Le dimanche, les ministres puritains raccourcissaient souvent la liturgie pour laisser plus de temps à la prédication. Les fidèles puritains assistaient à deux sermons le dimanche et à autant de sermons et de conférences qu'ils pouvaient trouver en semaine, parcourant souvent des kilomètres. Les puritains se distinguaient par leur adhésion au Sabbatarianisme. Les puritains enseignaient qu'il y avait deux sacrements : le baptême et la Cène.
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Les puritains étaient d'accord avec la pratique de l'église du baptême des enfants. Cependant, l'effet du baptême était contesté. Les puritains s'opposaient à l'affirmation de la régénération baptismale contenue dans le livre de prières. Dans la théologie puritaine, le baptême des enfants était compris en termes de théologie de l'alliance : le baptême remplaçait la circoncision masculine religieuse comme signe de l'alliance et marquait l'admission de l'enfant dans l'Église visible. On ne pouvait pas supposer que le baptême produise la régénération. La Confession de Westminster affirme que la grâce du baptême n'est efficace que pour ceux qui font partie des élus, et que ses effets restent en sommeil jusqu'à ce que l'on fasse l'expérience de la conversion plus tard dans la vie. Les puritains voulaient supprimer les parrains, qui prononçaient les vœux de baptême au nom des enfants en bas âge, et confier cette responsabilité au père de l'enfant. Les puritains s'opposaient également à ce que les prêtres fassent le signe de la croix lors du baptême. Ils s'opposaient aux baptêmes privés car les puritains pensaient que la prédication devait toujours accompagner les sacrements. Certains membres du clergé puritain refusaient même de baptiser des enfants mourants, car cela impliquait que le sacrement contribuait au salut. Les puritains rejetaient les enseignements catholique romain (transsubstantiation) et luthérien (union sacramentelle) selon lesquels le Christ est physiquement présent dans le pain sacramentel et le vin sacramentel de la Cène.
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